梅毒性扁平湿疣应与外阴尖锐湿疣鉴别，后者皮损也呈乳头瘤样增殖，二者单从皮损形态有时不易鉴别，但是，外阴尖锐湿疣系由病毒感染所致，具有不同的组织病理学特征，另外从皮损处也查不到梅毒螺旋体。

　　尖锐湿疣的好发部位在阴道口后方、大小阴唇、阴蒂、会阴部、肛周等处，30%的病人同时合并阴道和宫颈感染，极少数病人的湿疣还可以发生在乳头、口唇等处，对有肛交者，尖锐湿疣还可以发生于直肠。尖锐湿疣在临床外观上多有其特征性。一般发病初始时，外阴部散在1个或数个淡红色的小的乳头状赘生物，柔软，湿润，表面粗糙。患者可有轻微的外阴瘙痒感。阴道有感染时常有白带增多。疣体逐渐长大，相互间融合，大小不一，外观呈菜花状或鸡冠状，色灰白或暗红或粉红。合并感染时，疣体可分泌出大量分泌物，有臭味。

　　梅毒性扁平湿疣是二期梅毒皮肤损害的一种特殊类型，为梅毒性大丘疹，在皮肤表面呈弥漫性浸润并可互相融合，迅速增大，形成扁平隆起、疣状隆起或乳头状隆起。由于浸润迅速，其表面往往破溃，而形成溃疡，溃疡表面常覆盖一层苔藓样被膜，具有恶臭味。好发部位为阴囊、阴唇、会阴处、肛门周围、乳房及腋窝等处。皮损处含有大量的梅毒螺旋体，故传染力极强。

　　扁平湿疣是二期梅毒的一种皮肤表现，常发生于阴部，肛门等处。尖锐湿疣是由于尖锐湿疣病毒侵犯人体引起的一种皮肤增殖反应，也是一种常见的性病。它们二者形态相似，鉴别诊断十分重要，否则治疗错误，延误治疗。